Michel Chaouli setzt sich in seinem Projekt, dem „Philologischen Laboratorium“, grundlegend mit der Rolle von Kritik in den Literatur- und Kulturwissenschaften auseinander. Sein Ziel ist es, alternative Herangehensweisen jenseits der Kritik zu testen und dadurch neue Möglichkeiten zu schaffen, um die Erfahrung von Kunst zu beschreiben. In Berlin forscht er an der Friedrich-Schlegel-Graduiertenschule für literaturwissenschaftliche Studien.
Chaouli gehört zu den angesehensten Vertretern der amerikanischen German Studies. Er hat sich durch seine disziplinenübergreifenden Arbeiten zu den theoretischen und methodologischen Voraussetzungen der Literaturwissenschaft und der Geisteswissenschaften einen Namen gemacht. Chaouli hatte zunächst eine Juniorprofessur in Harvard (German / Comparative Literature) inne und hält jetzt eine Professur an der Indiana University, deren deutsches Institut in der Erhebung des National Research Council zu einem der drei herausragenden Institute dieser Fachrichtung in Nordamerika erklärt wurde. Im Jahr 2007 kehrte er als Gastprofessor nach Harvard zurück.
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